آلودگي اتفاقي نمونه با خاك و يا آب ممكن است باعث گردد كه نمونه به ارگانيسمهاي داراي زندگي آزاد كه موجود در آب و يا خاك مي باشند آلوده شده كه در اين مورد به آساني با تك ياخته هاي انگلي اشتباه مي شوند و جمع آوري نمونه از توالت فرنگي و ... نيز مناسب نمي باشد. تداخل مواد: بعضي از مواد مانند روغنهاي معدني، باريم (كريستالها مانع مشاهده انگل به خصوص تك ياخته ها مي گردند) بيسموت، آنتي بيوتيكها (تتراسيكلين)، داروهاي ضدمالاريا و مواد غيرقابل جذب تركيبات ضد اسهالي در جداسازي انگلهاي روده اي تداخل مي كنند. بعد از مصرف مواد فوق بوسيله بيمار، ممكن است براي مدت يك هفته تا چند هفته نتوان انگل را تشخيص داد. معمولاً دو ماده اي كه به مقدار زياد توسط بيماران مصرف مي گردد باريم و آنتي بيوتيك است كه تتراسيكلين باعث كاهش يا از بين رفتن انگل ها (مخصوصاً تك ياخته ها) مي گردد و در چنين مواردي بايد نمونه برداري بعد از گذشت ۷ روز انجام شود. ثبت مشخصات نمونه هر نمونه بايد داراي مشخصات نام بيمار، نام پزشك، شماره آزمايشگاه، تاريخ و زمان جمع آوري نمونه باشد. برگ درخواست پزشك بايد ضميمه شده و در آن اطلاعات اضافي مانند تشخيص احتمالي بيماري با توجه به علائم آن و يا تاريخچه مسافرت به منطقه خاص و ... ذكر گرديده باشد.

بايد توجه نمود كه چون هر نمونه مدفوع مي تواند به عنوان يك منبع مهم باكتري، ويروس و انگل باشد، لذا بايد به عنوان يك منبع آلوده كننده مهم محسوب گردد. تعداد نمونه ها حداقل ۳ نمونه، به صورت هر روز يا يك روز در ميان بايد جمع آوري گردد (به دليل اينكه معمولاً بعضي از تك ياخته ها و تخم كرمها به صورت تناوبي دفع مي گردند). در مواردي كه بيمار اسهال و درد شكم نداشته باشد مي توان دو نمونه را بطور معمول و يك نمونه را بعد از استفاده از يك مسهل مانند سولفات منيزيم يا Fleets phosho-soda جمع آوري نمود. از مسهل هاي روغني نبايد استفاده كرد زيرا روغن باعث كندي حركت تروفوزوئيت شده و به علت تغيير شكل انگل، تشخيص را مشكل مي سازد . در مواردي كه پزشك مشكوك به آميباز روده اي باشد جمع آوري ۶ نمونه بيمار كمك كننده است و باعث تشخيص عفونتهاي آميبي به ميزان ۹۰% مي گردد، اما معمولاً كمتر توسط پزشك درخواست مي گردد. در صورت مثبت بودن آزمايش انگل در نوبت اول، دو نوبت ديگر نيز حتماًُ بايد مورد بررسي قرار گيرد، چون ممكن است بيمار به دو يا چند انگل مختلف آلوده باشد. زمان جمع آوري اگر نمونه هاي مدفوع به صورت يك روز درميان جمع آوري گردد، ۳ نمونه را بايد حداكثر در فاصله زماني ۱۰ روز جمع آوري كرد. اگر منظور جمع آوري ۶ نمونه باشد، بايد آنها را حداكثر در فاصله زماني ۱۴ روز جمع آوري كرد. * بايد توجه نمود كه نبايد در طي يك روز بيشتر از يك نمونه از بيمار جمع آوري نمود. زمان صحيح انجام آزمايش بعد از جمع آوري نمونه بستگي به روش جمع آوري نمونه در آزمايشگاه دارد چون بعضي از آزمايشگاهها از مواد نگهدارنده استفاده مي كنند. زمان صحيح به شرح زير است آبكي (Liquid or watery) : بايد در فاصله زماني ۳۰ دقيقه بعد از جمع آوري نمونه آزمايش شود. نرم (Soft) : بايد در فاصله زماني ۳۰ دقيقه بعد از جمع آوري نمونه آزمايش شود. نيمه شكل دار (Semi formed) : بايد در فاصله زماني ۶۰ دقيقه بعد از جمع آوري نمونه آزمايش شود. كاملاً شكل دار (formed) همان روز يا روز بعد مي تواند آزمايش شود. بايد توجه نمود كه مي توان نمونه را در يخچال c º(۵-۳) نگهداري نمود كه در اين حالت، تخمها لاروها و كيستهاي تك ياخته تا چند روز بدون تغيير شكل حفظ مي شود اما بايد توجه نمود كه نمونه ها يخ نزند، چون در اثر نگهداري در دماي زير صفر، خصوصيات ظاهري انگل تغيير مي كند. نمونه نگهداري شده در يخچال براي انجام آزمايش مستقيم به هيچ وجه مناسب نيست چون تروفوزوئيت تك ياخته از بين مي رود. همچنين نمونه ها را به هيچ وجه نبايد در انكوباتور قرار داد به علت اينكه باعث تخريب انگل مي گردد. اگر چه نگهداري نمونه تازه مدفوع در يخچال ممكن است تخريب انگلها را به تاخير بيندازد، اما در صورت عدم توانايي در انجام به موقع آزمايش جهت حفظ خصوصيات ظاهري تروفوزوئيت ها، بهتر است نمونه مدفوع را در ماده نگهدارنده قرار داد و آن را در فرصت مناسب آزمايش نمود قوام نمونه: قوام نمونه ممكن است از آبكي تا كاملا شكل دار حتي سخت متغير باشد و معمولا ممكن است به صورت زير مشاهده گردد. (ايزم، به سختي شكل مي گيرد) Soft ، ( شل، شكل دار خرد مي شود ) Semi Formed, Formed طبق نظريه سازمان جهاني بهداشت ، بيشتر تقسيمات زير مد نظر بوده و بايد ثبت و گزارش گردد: Loose, Soft, Formed Watery تروفوزوئيت آميبها و تاژكداران بيشتر در نمونه هاي آبكي يا شل ديده مي شود و سريعاً در درجه حرارت طاق از بين مي روند. همچنين ممكن است در نمونه نرم (soft) نيز تروفوزوئيت تك ياخته مشاهده گردد. معمولاً خصوصيات ظاهري كيستهاي موجود در نمونه شكل دار، در درجه حرارت اطاق و در فاصله زماني يك روز تغيير نمي كند. تخمها و لاروها در هر نمونه اي با هر گونه قوام ممكن است مشاهده ردند اما در نمونه هاي آبكي به علت رقيق بودن نمونه، شانس يافتن آنها كم مي شود، اما در درجه حرارت اطاق به نسبت تروفوزوئيتها و كيستها خصوصيات خود را از دست نمي دهند. فقط اگر بعضي از تخمهاي كرمهاي قلابدار بيشتر از يك روز در درجه حرارت اطاق بماند تبديل به لارو شده و يا در اين شرايط ممكن است لاروهاي فيلاريفرم استرونژيلوئيدس استركوراليس مشاهده گردد. بعضي مواقع كرم آسكاريس، كرم سنجاقي و يا بندهاي كرمهاي نواري ممكن است در سطح يا زير مدفوع مشاهده شود. بندرت ممكن است كرم تريكوسفال، كرم قلابدار و هيمنولپيس نانا در مدفوع ديده شود و معمولاً دفع اين كرمها بعد از درمان يا مصرف مسهل مشاهده مي گردد. جهت جدا نمودن اين انگلها،مي توان مقداري از نمونه را با سرم فيزيولوژي مخلوط كرده و سپس آن را از چند لايه گاز مرطوب صاف نمود. در مورد عفونتهاي انگلي ناشي از كرمها، بايد ۱ تا ۲ هفته بعد از درمان، آزمايش مدفوع را تكرار نمود. در مورد عفونتهاي انگلي ناشي از تك ياخته، اين كنترل بايد ۳ تا ۴ هفته بعد از درمان انجام گرفته و در مورد افراد مداوا شده براي عفونت ناشي از كرم تينا، ۶-۵ هفته بعد از درمان، انجام آزمايش مجدد توصيه مي گردد. نگهداري نمونه ها اغلب يك فاصله زماني بين جمع آوري نمونه تا رسيدن آن به آزمايشگاه و يا زمان انجام آزمايش نمونه وجود دارد. اگر اين مدت زمان بيشتر از فاصله زماني ذكر شده باشد بايد فوراً نمونه را بعد از جمع آوري و يا بعد از دريافت بوسيله آزمايشگاه در ماده نگهدارنده قرار داد. اگر تعداد نمونه هاي مدفوع آزمايشگاه زياد است، بايد نمونه ها را مورد بررسي قرار داد و در ابتدا سريعاً نمونه ها شل، آبكي و يا داراي خون و موكوس را آزمايش نمود و يا بعد از ثبت خصوصيات ظاهري آنها در ماده نگهدارنده قرار داد. مواد نگهدارنده متنوعي وجود دارد كه پرمصرف ترين آنها فرمالين ۵% يا ۱۰% است كه مي توان در روي اين نمونه عمل تغليظ را نيز انجام داد. مواد نگهدارنده ديگر شامل Sodium*Acetate Acetic-formalin = (SAF) (مي توان روي نمونه نگهداشته شده در اين ماده عمل تغليظ و رنگ آميزي را انجام داد) Merthiolate-lodine-formalin = (MIF) از نمونه نگهداري شده در اين ماده مي توان جهت تهيه گسترش مستقيم و انجام روشهاي تغليظ استفاده نمود اما تهيه گسترش رنگ آميزي با كيفيت مطلوب از آن آسان نمي باشد. بخصوص در مورد نمونه هاي حاوي تروفوزوئيت تك ياخته، كه در رنگ آميز خصوصيات آن مشخص نمي شود. Schaudinn's fixative اين ماده ثابت كننده جهت نمونه هاي مدفوع تازه و يا هر نمونه تهيه شده از مخاط روده (نمونه هاي حاصل از سيگموئيدوسكوپي) مناسب مي باشد. Polyvinyl Alcohol = (PVA) اگرچه هر دو روش تغليظ و رنگ آميزي را مي توان در مورد نمونه هاي نگهداري شده در اين ماده بكار برد، اما طبق توصيه National committee for clinical laboratory standards = NCCLS بهتر است عمل تغليظ را روي نمونه هاي نگهداري شده در فرمالين و عمل رنگ آميزي را روي نمونه نگهداري شده در PVA انجام داد. بايد توجه نمود كه نسبت بين مدفوع و ماده نگهدارنده بايد به نسبت يك قسمت از مدفوع و سه قسمت ماده نگهدارنده بوده و كاملاً با هم مخلوط شوند. به طور كلي مدت زمان مجاورت مدفوع و ماده نگهدارنده نبايد كمتر از ۳۰ دقيقه باشد. نمونه هاي مدفوع موجود در ماده نگهدارنده مي تواند در درجه حرارت اطاق نگهداري شوند. فرمالين: بيشترين ماده ثابت كننده اي است كه جهت تخم كرمها، لاروها، كيست تك ياخته ها و اووسيست استفاده مي شود. معمولاً فرمالين خريداري شده ۳۷% است كه يك محلول آبي ۳۷% از گاز فرمالدئيد مي باشد و در موقع ساخت محلولهاي ثابت كننده انگل شناسي بايد به عنوان يك محلول ۱۰۰% در نظر گرفته شود. دو غلظت مورد استفاده از فرمالين ۵% و ۱۰% مي باشد. اگر چه تهيه محلول ۵% آن براي تمام اهداف توصيه مي شود اما تمام كارخانه هاي سازنده كيتهاي حاوي ماده نگهدارنده فرمالين، از محلول ۱۰% آن استفاده مي نمايند چون توانايي بيشتري را جهت كشتن تخم كرمها دارد. مي توان در مورد نمونه هاي نگهداري شده در فرمالين، عمل تغليظ را انجام داد. اما نمي توان بر روي اين نمونه روشهاي رنگ آميزي را بكار برد. فرمالين در سرم فيزيولوژي يا آب مقطر به نسبت ۱ به ۱۰ يا ۱ به ۲۰ رقيق مي گردد روش تهيه فرمالين ۱۰% : فرمالوئيد (USP)،۱۰۰ ميلي متر ـ محلول سرم فيزيولوژي ۸۵% ، ۹۰۰ ميلي متر فرمالين ۵% : فرمالوئيد (USP)، ۵۰ ميلي متر ـ محلول سرم فيزيولوژي ۸۵% ، ۹۵۰ ميلي متر طرز تهيه = ۱۰۰ ميلي متر ( يا جهت تهيه محلول ۵% ، ۵۰ ميليمتر از فرمالوئيد را با ۹۰۰ ميلي متر ( يا ۹۵۰ ميلي متر جهت تهيه محلول ۵% ) از محلول سرم فيزيولوژي / g ۵/۸ رقيق مي كنيم . ( بايد توجه نمود كه از آب مقطر نيز مي توان به جاي سرم فيزيولوژي استفاده نمود.) استفاده از فرمالين گرم ( ۶۰ ) جهت جلوگيري از انتقال آلودگي بوسيله تخم كرمها توصيه مي شود. استفاده از فرمالين گرم (c ˚۶۰) جهت جلوگيري از آلوده كنندگي تخم كرمها توصيه مي شود. بررسي خصوصيات ظاهري نمونه اصولاً بررسي ظاهر مدفوع و گزارش كامل آن به پزشك اهميت بسيار زيادي جهت تشخيص بيماري دارد. اين بررسي كمك بسيار زيادي به تشخيص عفونتهاي انگلي، يرقانها، خونريزيهاي دستگاه گوارش، اسهال، سوء جذب و ... مي نمايد. بنابراين بايد شكل و قوام، رنگ، وجود موكوس، خون، مواد غذائي هضم نشده و ... بررسي و به پزشك گزارش گردد. بررسي خصوصيات ظاهري نمونه مدفوع بايد روي نمونه هاي تازه انجام شود و نمي توان اين بررسي را در نمونه هاي موجود در ماده نگهدارنده انجام داد. از طرفي تروفوزوئيت انگلها نيز در اين مواد بيحركت مي شود بنابراين گرفتن يك نمونه تازه جهت تشخيص پروتوزوئرهاي متحرك و نيز بررسي خصوصيات ظاهري، ضروري مي باشد مدت زمان نگهداري نمونه تازگي نمونه يك عامل مهم در تشخيص عفونتهاي انگلي است چون مرحله تروفوزوئيت تك ياخته ها خيلي زود، بعد از خروج از بدن، از بين مي رود. ثبت تاريخ و زمان جمع آوري نمونه نيز ضروري بوده و بايد انجام شود. وجود خون وموكوس مي تواند به دليل عفونت آمبيبي، باكتريايي ، التهاب، كوليت، بدخيمي و ... باشد كه جهت يافتن تروفوزوئيت آميبها حتماً بايد از قسمتهاي خوني و مولكولي مدفوع نمونه برداشت شود. وجود خون تيره در مدفوع مي تواند دلالت بر خونريزي زياد در مجاري معده ـ روده اي داشته و بر عكس وجود خون روشن دلالت بر خونريزي قسمتهاي تحتاني دارد. رنگ مدفوع مي تواند بر حسب نوع تغذيه، مصرف دارو، بيماري و ... تغيير كند. مصرف سبزيجات زياد باعث رنگ سبز، مصرف گوشت، رنگ آنرا تيره ومصرف لبنيات رنگ آنرا روشن مي سازد.